Javascriptを記述する場所

JavascriptはHTMLファイルに直接書き込む、もしくはJavascriptファイルを用意してそこに書き込む場合があります。

HTMLファイルに直接書き込む場合は、head要素の中、body要素の中、body要素のタグの中、がありますが最近ではbody要素の中、それもbody要素のタグを閉じる直前に記述する傾向があるようです。
それはHTMLはhead要素からbody要素の上部分から読み込まれるため途中にJavascriptがあると読み込みに時間が掛かりページの表示に手間取る可能性があるからです。

またJavascriptをCSSみたいに外部ファイルに用意してそこから読み込むという方法もあります。
その利点は複数のHTMLファイル、つまり複数のページ間で１つのJavascriptを使いまわす事ができることです。そしてJavascriptを修正するときなどは複数のHTMLファイルを編集することなく１つのJavascriptファイルを編集するだけとメンテナンス性も高まります。
ただしこの場合HTMLファイルとJavascriptファイルが独立しているということはHTMLファイルがJavascriptファイルを呼び出すたびに通信が行われることとなります。結果としてページの表示に時間が掛かる場合があります。